Warner Fokkens werd op 6 april 1965 in Den Haag geboren. Hij is op 6-jarige leeftijd begonnen met 1 jaar orgelles. Vervolgens heeft hij vanaf 1973 vijf jaar piano gestudeerd.
Op 17-jarige leeftijd debuteerde hij als pianist met een piano concert van Mozart in Diligentia in Den Haag tijdens een schoolorkestfestival.
Vanaf 1985 studeerde hij hoofdvak Orgel bij Joh.Th. Lemckert, Wim van Beek, Rienk Jiskoot, Piano bij Albert Brussee en 2e hoofdvak Kerkmuziek bij Theo Goedhart aan het Koninklijk Conservatorium te ‘s-Gravenhage.
Tevens kreeg hij tijdens zijn studie improvisatielessen bij Johann Th. Lemckert en Bert Matter en volgde een masterclass bij Gaston Litaize. Aansluitend heeft hij twee jaar gestudeerd bij Leo van Doeselaar aan het Hilversums Conservatorium.
Vanaf januari 1980 was Warner Fokkens organist van de Hervormde Sjalomkerk in Den Haag. In november 1986 werd hij organist van de Hervormde Pauluskerk in de Vogelwijk, als opvolger van Juul Ouwehand. In oktober 2002 werden de deuren van de Pauluskerk definitief gesloten. Sindsdien is Warner vaste organist van de Bergkerk.
Sinds 1987 heeft Warner een bloeiende lespraktijk voor keyboard, orgel en piano. In de concert- en lespraktijk vervult de improvisatie een steeds belangrijkere rol. Daarnaast heeft hij ook ruime ervaring met het geven van orgel-, piano- en koorconcerten. Tegenwoordig maakt hij steeds vaker gebruik van beide instrumenten. Deze combinatie wordt door het publiek zeer gewaardeerd.
Hij is dirigent van het koor Sing for Joy uit Maassluis, Joyful Singers uit Poortugaal en gastdirigent, repetitor of begeleider van diverse mannenkoren en ensembles.
Warner is naast organist, docent en koordirigent ook muziekuitgever.
Met ingang van 1 januari 2019 is Warner Fokkens dirigent van ons Politie Mannenkoor Entre Nous. Warner is de opvolger van Jeroen Bosman die 31 jaar dirigent van Entre Nous is geweest.